É sempre possível que não haja bloqueio incorreto. Eu tive que acontecer antes. Executar chkdsk / b na unidade corrigiu esse problema. Mas a VM precisaria estar off-line para isso.
O teste da unidade real e da virtual pode ser feito com o Windows em execução usando o HDTune . Use a varredura completa e procure o (s) bloco (s) inválido (s). Não é a melhor ferramenta do mundo, mas tem a vantagem de ser executada no Windows e de manter sua VM em funcionamento.