Eu sei que esta é uma pergunta muito antiga, mas eu tive um problema semelhante e encontrei uma solução que não requer um aplicativo de terceiros.
No Windows 7/8, você pode alternar rapidamente para aplicativos pressionando Windows + [number], em que number é a posição do aplicativo na barra de tarefas. Você também pode fixar seus aplicativos na barra de tarefas usando o menu de contexto do botão direito do mouse. Por fim, você pode iniciar novas instâncias de um aplicativo na barra de tarefas pressionando Windows + Shift + [number]. Isso funciona muito bem para mim quando quero iniciar novas instâncias do cygwin, onde normalmente tenho 3 ou mais janelas e vários monitores; Eu tenho o cygwin fixado na barra de tarefas para que o [número] não mude, e eu posso rapidamente iniciar novas instâncias e alternar entre as instâncias atualmente em execução facilmente usando a chave do Windows.
Espero que ajude todo mundo lá fora!