Você pode usar git add -A :/
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Um pathspec que começa com dois pontos diz ao git que ele deve interpretar o restante desse pathspec da base do repositório, e não do diretório atual. Seguido apenas por uma barra, ele se referirá à raiz do repositório, fazendo com que git add
adicione todas as alterações.
Isto parece requerer o git 1.7.6 ou mais recente.