Eu experimentei diferenças de tamanho ainda mais extremas. Eu também não gosto da falta de configurabilidade do Microsoft Print para PDF. Se é mesmo possível, está muito bem escondido.
No contexto da sua solução: você não pode alterar uma configuração, você precisa de uma impressora virtual mais sofisticada.
Eu recomendaria o link (Instalador rápido; Pesquise o PDFCreator por conta própria se você ainda não tem motivos para confiar no ninite.com.)
Tem perfis incorporados, incluindo aqueles que reduzem o tamanho dos arquivos. Eu usei para resolver um problema semelhante com um arquivo de ~ 100 mb. Você também pode criar seu próprio perfil para reduzi-lo ainda mais e, em seguida, salvar esse perfil para uso posterior.