Sim, há uma configuração que você pode alterar. Está sob Edit > Settings > Transfers > File Exists Action
No seu caso, você mudaria a configuração que dizia "Uploads" para "Overwrite file if source file newer"
Como posso alterar essa configuração?
Eu quero enviar arquivos apenas se eles forem mais recentes que a versão no servidor FTP.
Existe alguma opção de configuração de redefinição que eu possa usar sem apagar minhas configurações de conexão FTP?
Na versão mais recente, isso foi alterado para Transferir > Arquivo Padrão Existe Ação
Outubro de 2017 - é
Transfer
Default File Exists Action
Então você pode definir como quiser.
MAS, sua pergunta é sobre a preocupação de sobrescrever as configurações de conexão FTP.
E aqui está o problema: ele não salva essa configuração na conexão FTP. É de toda a sessão, independentemente de quais conexões você usa, ou quantas são usadas antes que o FileZilla seja fechado ...
Em outras palavras, você precisa configurá-lo toda vez que iniciar o FileZilla. Se você esquecer e começar uma transferência, poderá alterá-la enquanto estiver transferindo e, onde quer que esteja na fila, ela começará a usar a nova configuração.
Portanto, sua resposta é que você não precisa se preocupar com a redefinição de sua conexão FTP nem com suas configurações.