man 5 sudoers
diz (seção "Sudoers File Format"):
When multiple entries match for a user, they are applied in order. Where there are multiple matches, the last match is used (which is not necessarily the most specific match).
Então você deve ter essas linhas exatamente nesta ordem:
username ALL=(ALL) ALL
username ALL=(ALL) NOPASSWD: /home/username/script.sh
e qualquer linha que também corresponda (por exemplo, %sudo ALL=(ALL:ALL) ALL
) deve ser anterior à linha NOPASSWD
.