Isso acontece quando os caracteres de controle EOL não estão corretos. O Windows representa novas linhas com o carriage return + line feed .
No Notepad ++, você pode verificar esses caracteres selecionando:
Ver > Mostrar símbolos > [x] Show End of Line

Vocêprecisamodificarseuscriptparaqueseusdadossejamformatadosassim: