O protocolo do Skype é bastante seguro por si só, não é interceptado e / ou descriptografado por sniffers regulares de pacotes.
De link
Skype is a secure communication; encryption cannot be disabled, and is invisible to the user. Skype reportedly uses non-proprietary, widely trusted encryption techniques: RSA for key negotiation and the Advanced Encryption Standard to encrypt conversations.
Informações mais elaboradas sobre a segurança do protocolo do Skype podem ser encontradas no link