No Firefox, é relativamente fácil. Use o AdBlock plus, mas defina suas próprias regras personalizadas. Eu adicionei uma exceção para stackoverflow.com e outros sites que eu gosto e apoio. Ele também tem a capacidade de bloquear anúncios em flash, o que é legal.
Eu não uso muito o IE ultimamente, mas pelo que entendi, o IE8, se usado no modo "Navegação InPrivate", bloqueia determinados anúncios.