Ok, a resposta correta segue.
Para escapar dos argumentos de que os executáveis podem ser usados, você duplica as barras, como:
growlnotify //a:Application //t:Title "message here"
O motivo de falhar para mim foi porque, de alguma forma, eu não estava usando o mesmo nome de aplicativo que tinha quando comecei no dia anterior (e como um aplicativo diferente não foi registrado, o Growl For Windows ignora as notificações não registradas).
Existem alguns outros truques que vale a pena mencionar. No CMD, você pode emitir a declaração assim:
growlnotify //a:App //t:"With Spaces" "message here"
As bombas "Com Espaços". Eu acho que o msys / bash pode estar expandindo as aspas, e então passando para dentro, de tal forma que o executável veja dois argumentos, // t: Com e Espaços ". O correto maneira de fazer isso parece ser:
growlnotify //a:App //t:With\ Spaces "message here"
Além disso, se você passar em qualquer caminho de arquivo, você ainda vai querer usar o estilo DOS, o que significa barras (já que, em última análise, é o executável do tipo DOS que irá consumir isso). Mas esses serão interpretados como escapes, o que significa que eles também precisam ser duplicados.
growlnotify //a:App //ai:C:\path\to\icon.png "message here"
Espero que isso ajude alguém no futuro.