Você deve poder excluí-lo usando o comando "rd", mas com uma sintaxe diferente:
rd "\?\DRIVELETTER:\FOLDERNAME"
O espaço reservado para FOLDERNAME deve, é claro, ser o nome real da sua pasta problemática, pontos incluídos .
Se o diretório não estiver vazio, você receberá uma mensagem de erro. Para forçar a exclusão do diretório e seu conteúdo, você pode usar a opção / s:
rd /s "\?\DRIVELETTER:\FOLDERNAME"
O prefixo de caminho "\\? \" está documentado aqui, em "Namespaces de arquivo Win32":