O separador de comandos no ConEmu para mim (no Windows) é:
$t
Então, o seu exemplo seria:
alias glb=git remote update origin --prune $t git branch -a
OBSERVAÇÃO: Lembre-se de reiniciar sua janela do conemu ou abrir uma nova guia para que isso seja aplicado. - obrigado ao @vetras por me lembrar.
Referência: link