Para adicionar uma resposta atualizada a essa pergunta, o Oracle VM VirtualBox agora oferece suporte à criptografia de disco rígido no a partir do VirtualBox 5.0 .
Primeiro, você deve criar a máquina virtual e criptografar as imagens de disco rígido anexadas a ela, seja por meio da GUI ou da vboxmanage
API.
De manual :
Starting with VirtualBox 5.0, it is possible to encrypt the data stored in hard disk images transparently for the guest. It does not depend on a specific image format to be used. Images which have the data encrypted are not portable between VirtualBox and other virtualization software.
Atualmente tem limitações severas : consulte o manual para detalhes.
Esse recurso foi muito debatido, mas finalmente implementado .