Sim, o USB 3.0 é compatível com versões anteriores. No entanto, algumas novas instruções são adicionadas ao novo padrão 3.0, portanto, algumas funcionalidades podem não funcionar. No entanto, a maioria dos hardwares suportará USB 2.0 e não esperarei muitos problemas com um disco rígido externo.
Referência do PCWorld :
The beauty of USB 3.0 is its backward compatibility with USB 2.0; you need a new cable and new host adapter (or, one of the Asus or Gigabyte motherboards that supports USB 3.0) to achieve USB 3.0, but you can still use the device on a USB 2.0 port and achieve typical USB 2.0 performance.