A maioria dos temas terá um unity.css ou algo similar em algum lugar na pasta gtk3 /.
Abra e procure por estilos de painel. Você pode facilmente mudar cores bg e fg lá.
Uma amostra do tema Zukitwo Gtk3:
UnityPanelWidget,
.unity-panel {
background-image: -gtk-gradient (linear, left top, left bottom,
from (shade (@dark_bg_color, 1.5)),
to (shade (@dark_bg_color, 1.04)));
border-top-color: shade (@dark_bg_color, 1.6);
border-style: solid;
border-width: 1 0 0 0;
-unico-border-gradient: none;
}
.unity-panel.menubar
.unity-panel .menubar {
color: #fff;
}