Ignore as csr e keys dirs; eles basicamente contêm apenas arquivos temporários durante a emissão.
O Certbot sempre coloca a versão mais recente de todos os certificados em /etc/letsencrypt/live :
/etc/letsencrypt/live
├── mail.example.org
│ ├── cert.pem -> ../../archive/mail.example.org/cert8.pem
│ ├── chain.pem -> ../../archive/mail.example.org/chain8.pem
│ ├── fullchain.pem -> ../../archive/mail.example.org/fullchain8.pem
│ └── privkey.pem -> ../../archive/mail.example.org/privkey8.pem
└── www.example.org
├── cert.pem -> ../../archive/www.example.org/cert7.pem
├── chain.pem -> ../../archive/www.example.org/chain7.pem
├── fullchain.pem -> ../../archive/www.example.org/fullchain7.pem
└── privkey.pem -> ../../archive/www.example.org/privkey7.pem
Portanto, você configuraria serviços como este:
SSLCertificateFile /etc/letsencrypt/live/www.example.org/fullchain.pem
SSLCertificateKeyFile /etc/letsencrypt/live/www.example.org/privkey.pem
Desta forma, os serviços só precisam ser recarregados, não reconfigurados, após cada renovação. Use o recurso "deploy hook" do certbot para automatizar as mudanças de permissão, recarregamentos de serviço e qualquer outra coisa que precise ser automatizada.