Eu baixei o código do Nautilus Image Converter e passei pelo arquivo de configuração e não acho que isso seja possível a partir do arquivo de configuração. Mas, se você abrir o nautilus-image-resizer.c e der uma olhada na linha 320, você verá o seguinte código:
gchar *argv[6];
argv[0] = "/usr/bin/convert";
argv[1] = filename;
argv[2] = "-resize";
argv[3] = priv->size;
argv[4] = new_filename;
argv[5] = NULL;
como você vê, é aqui que os argumentos para o utilitário de conversão Imagemagick estão sendo criados. Eu acho que se você mudar isso para seguir, deve resolver o seu problema:
gchar *argv[6];
argv[0] = "/usr/bin/convert";
argv[1] = filename;
argv[2] = "-resize";
argv[3] = priv->size;
argv[4] = "-strip"
argv[5] = new_filename;
ISENÇÃO DE RESPONSABILIDADE: Eu não tentei isso. Esta resposta é baseada unicamente na minha compreensão limitada do código do Nautilus Image Converter. Por isso, recomendo fazer backup de suas imagens antes de usar a versão modificada.