Existem duas coisas que você pode fazer para gerenciar a unidade e sua maximização, embora nenhuma delas seja 100% eficiente.
Primeiramente, use o dconf-editor e altere a configuração Desktop > Unity > 'Form Factor'
para Desktop
Em segundo lugar, você pode usar o CCSM (compizconfig-settings-manager) e alterar a opção "Place Windows > Geral > Modo de Posicionamento 'to Smart - ou qual opção sempre funciona melhor para você.
Infelizmente, tenho a impressão de que esse comportamento é um recurso, não um bug, para nos encorajar a usar várias áreas de trabalho, em vez de confundir uma única.