Existem várias alternativas:
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O Octave é muito parecido com o Matlab. Para o uso diário (sem várias caixas de ferramentas) O Octave pode ser usado como substituição transparente.
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SAGE também é ótimo, mas talvez mais perto do Maple / Mathematica em funcionalidade do que o Matlab.
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Scilab tem muitos recursos do Matlab / Mathematica.
Se você gosta de programar e tem um uso para o grande número de bibliotecas de extensão disponíveis em Python, eu definitivamente escolha Python / Scipy / etc. Se você precisa de um pacote monolítico simples com capacidades de álgebra linear e sintaxe idêntica à Matlab então usa Octave.
Você pode encontrar muitas outras alternativas aqui .