Eu também recomendo o SyncBack. Acho que a parte difícil da sua pergunta é como iniciar automaticamente o backup ao inserir o cartão USB / stick.
Você pode seguir este tutorial na SyncBack Knowledgebase , que mostra como execute o SyncBack a partir de um dispositivo de armazenamento externo. Crie o arquivo autorun.inf e deixe o SyncBack exe iniciar com o seu perfil de backup.