Quando você instala a biblioteca ou qualquer outro pacote usando o apt-get, é sempre estável, por isso é mais recomendado porque eles são testados e os repositórios são bem mantidos pelos desenvolvedores. Quando você instala biblioteca ou qualquer outro pacote compilando o código-fonte, as chances são menores de ser estável. Às vezes também causa problemas.
Substituir src por versões apt da biblioteca não será compatível e criará problemas.
Para mais informações, consulte Ubuntu .