Esta é uma grande reescrita da minha resposta com base em informações adicionais fornecidas pelo OP nos comentários, no tópico relacionado no SO e em sua própria resposta.
Does the JPEG file format support RGB data?
RGB tem dois significados.
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É um espaço de cores, onde as cores são definidas em termos das cores primárias de vermelho, verde. e azul. O padrão JPEG é baseado no espaço de cores RGB como ponto de partida. É convertido em YCbCr para fins de compactação. Uma descrição bem detalhada do processo de codificação e compactação é fornecida em este artigo da Wikipédia .
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RGB significa uma ordem para interpretar os dados de cor armazenados. A resposta de Bob explica por que isso também pode ser interpretado na ordem do BGR. Esse é o significado que causou a confusão que levou a essa questão. Na verdade, não se relaciona com o padrão JPEG, mas com o modo como o WIC manipula os dados.
Uma especificação de arquivo de formato de imagem inclui a definição da sequência de cores. Essa não é a situação neste caso. O WIC está criando um JPEG a partir de dados de imagem brutos. De acordo com o link encontrado, o WIC suporta a ordem RGB e BGR para os dados de entrada, embora ele liste apenas o BGR como entrada para seu Codec JPEG nativo. Então, a questão está se relacionando com o WIC e alimentando o que ele espera ver.