Seu parâmetro de entrada não está correto, o FFmpeg analisa seu áudio como o arquivo de saída. Tente adicionar um sinal :
entre sua entrada de vídeo e áudio.
ffmpeg -f dshow -i video="FaceCam 1320":audio="Microphone (Realtek High Defini" -vcodec h264 -acodec libmp3lame -ac 2 -b:a 128k -ar 44100 -f flv rtmp://localhost/streamApp/cam1
Dê uma olhada no wiki do DirectShow FFmpeg para obter mais informações sobre as configurações corretas dos parâmetros.