Devilspie estraga as coisas para mim usando a unidade. Então eu começo o Pidgin usando este script simples:
#!/bin/bash
pidgin &
sleep 6
wmctrl -c "Buddy List"
O sono é necessário para que a janela não reabra. É feio, mas o melhor possível para mim. Note que fecha a janela mas não sai do Pidgin. Minimizar e fechar a janela tem quase o mesmo significado para o Pidgin.