O Dropbox tem uma resposta oficial sobre isso em: link
Em suma, o Dropbox só vê alterações em arquivos / junções vinculados cada vez que o cliente Dropbox é aberto / reiniciado.
Se você quiser que as alterações reflitam imediatamente, você deve colocar a pasta INSIDE Dropbox dos arquivos ORIGINAIS e fazer um link apontando para fora DESSA pasta / arquivo.
Exemplos:
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C: / Dropbox / MyFolder é um link para D: / MyFolder - > As alterações serão sincronizadas após a reinicialização do Dropbox.
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D: / MyFolder é um link para C: / Dropbox / MyFolder - > As alterações serão sincronizadas imediatamente.
Esse é um problema para mim, pois preciso de dois HDs para armazenar meus dados, mas é assim que funciona.