Primeiro eu executei apropos-value ~/Mail/ . Ele me jogou muitas variáveis, que contêm essa string em seus valores. No meu pacote Debian i instalado emacs24-el , eu poderia rastrear essas variáveis no código. Eu corri describe-variable na variável nnfolder-directory , cujo valor foi ~/Mail/ . Em fui ao código e descobri que ele foi inicializado assim:
(defvoo nnfolder-directory (expand-file-name message-directory))
O mesmo ocorreu com a variável nndraft-directory que continha o valor ~/News/ , que na verdade veio da variável gnus-directory . Por alguma razão, o diretório ~/Mail/archive/ ainda é criado, acho que nnfolder-directory foi inicializado antes de definir message-directory no arquivo init.
Continuar: para alterar seus diretórios de e-mail e notícias, coloque isso no arquivo init :
(setq message-directory "~/.emacs.d/mail/")
(setq gnus-directory "~/.emacs.d/news/")
(setq nnfolder-directory "~/.emacs.d/mail/archive")