Não é incomum que o Virtual Box tenha problemas na criação de versões mais recentes do kernel. Os desenvolvedores fazem um ótimo trabalho ao corrigir esses problemas, mas precisam de algum tempo para fazê-lo.
Os problemas com o builing para kernels > 3.19 deve ser corrigido nas versões do Virtual Box > 4.3.22, e os problemas com o kernel 4.0 foram fixados em 4.3.24, resp. 4.3.26 (veja changelog para o Virtual Box 4.3 ).
Portanto, sempre que nos depararmos com a construção de um kernel mais novo, devemos atualizar o Virtual Box para a mais nova versão estável.
Se um bug ainda não foi corrigido, devemos denunciar isso para os desenvolvedores .