Eu encontrei uma solução para isso. Agora estou usando o Terminal GNOME 2.32.0 e ainda tem o mesmo problema. Eu consertei alterando a paleta de cores. No menu Editar, selecione Preferências de perfil e, em seguida, a guia Cores. Clique no retângulo superior esquerdo na paleta de cores, entrada de paleta 1. Isso tem um nome de cor padrão de # 2E3436. Altere isso para # 000000. Voila!