É possível remover linhas duplicadas que já estão em .bash_history executando
nl ~/.bash_history | sort -k 2 -k 1,1nr| uniq -f 1 | sort -n | cut -f 2 > unduped_history
seguido por
cp unduped_history ~/.bash_history
Também recomendo colocar o seguinte em seu ~ / .bashrc:
export HISTCONTROL=ignoreboth:erasedups