Encontrei pelo menos dois motivos para esta mensagem de erro: o primeiro é um erro de sintaxe e o segundo é que o arquivo conf não existia quando você inicializava, então o Upstart se recusaria a executá-lo.
Para garantir que a sintaxe do arquivo conf esteja correta, execute:
init-checkconf -d /etc/init/script.conf
Ele vai imprimir um monte de coisas e perto do final, ele deve dizer:
File /etc/init/script.conf: syntax ok
Se a sintaxe do arquivo conf estiver ok, mas a tarefa ainda não for iniciada, a única maneira de obter o Upstart para reconhecer o arquivo é reinicializar.