Loja "raiz" resolveu
A solução foi instalá-lo na loja Root , que o coloca em Registry (se você visualizar lojas físicas no snap-in Certificados), em vez da loja AuthRoot , que o coloca em% código%. Eu não sei porque estava desaparecendo de Third-Party , mas isso não aconteceu desde que fiz essa mudança.
Agradecimentos a Charlie Wilson para me apontando na direção certa. Eu só queria digitar a resposta completa caso alguém tivesse esse problema.