Se você tiver MKVToolnix instalado, você pode usar o comando mkvmerge para mesclar os fluxos.
mkvmerge -o output.mkv -A input.mkv sound.ac3 subtitles.srt
A opção -A garante que nenhum som seja obtido de input.mkv . Consulte a seção de exemplos para saber mais.
Para o Windows, existe a GUI do MKVToolnix , o que tornaria isso um pouco mais fácil:
No Ubuntu e em distribuições semelhantes, deve haver o pacote mkvtoolnix-gui .