Primeiro: não é uma questão de programação - o melhor lugar é o link .
Segundo: Você provavelmente está usando um Linux - mas é melhor especificar;).
Terceiro: A execução de scripts no momento da inicialização é muito perigosa para a segurança do sistema. Portanto, aqui está uma boa razão para scripts somente de raiz. Então, se você tiver acesso root - use (você é um administrador de sistemas, certo?), Se você não tiver acesso - provavelmente é melhor deixar como está .. :)
Se a sua pergunta for sobre como alterar o UID efetivo de algum script rc.d, você pode usar algo como:
#!/bin/bash
export MYHOME=/path/to/somewhere
case $1 in
start) /bin/su <username> $MYHOME/bin/startup.sh ;;
stop) /bin/su <username> $MYHOME/bin/shutdown.sh ;;
restart)
/bin/su <username> $MYHOME/bin/shutdown.sh
/bin/su <username> $MYHOME/bin/startup.sh
;;
esac
exit 0
então, você pode colocar seu script em qualquer lugar e a partir do script init irá rodá-lo com su
.