O relógio de pixel ajusta a largura dos pixels de entrada. VGA é uma entrada analógica, não há limites bem definidos entre os pixels e o monitor deve adivinhar.
Se a configuração do relógio ficar mal ajustada, seu monitor ficará desfocado e, provavelmente, isso não causa mais interferência.
Para ajustar as configurações de relógio e fase corretamente, veja um tabuleiro de xadrez de pixel na tela e use o Opção “Auto” nos menus do monitor.
Além disso, você já pensou em conectar sua tela via DVI?