Sim, será. Toda vez que você terminar de baixar alguma coisa, você verá uma verificação de vírus sendo executada na janela de download.
Em qualquer caso, a proteção em tempo real no Security Essentials será ativada mesmo se você usar outro gerenciador de downloads ou estiver navegando com o Firefox por meio de sites que possam conter malware. As ações que eles podem tentar executar em sua máquina serão analisadas pelo MSE e isso é completamente independente do navegador que você usa.