Audigy 2 user aqui.
Com o PulseAudio, eu tenho que diminuir o volume do Wave do meu mixer (alsamixer) para remover ruídos estáticos / de rachaduras. (Isso me levou um tempo estupidamente longo para descobrir.)
Isso desativa o som dos vídeos em Flash e afins, mas o mpd, o VLC, etc. ainda funcionam como deveriam, sem qualquer falha ou estouro (eles são configurados para interagir com o PulseAudio). Dito isso, quando tenho que reproduzir um vídeo em Flash, faço o backup do volume do Wave novamente.
O mplayer pode ter o mesmo problema porque tenta usar o OSS ou o ALSA em vez do PulseAudio (você deve ser capaz de configurá-lo de forma diferente).
Felicidades!