O único limite é de 2,3 TB, além do qual o sistema de arquivos NTFS é excedido em um sistema operacional de 32 bits (o Windows 7 de 64 bits é recomendado). O FAT32 não é recomendado devido à limitação do tamanho do arquivo, exceto se você desejar evitar o erro "não conseguir ejetar" no Vista e posterior.
Então, vá em frente e compre qualquer disco portátil que você goste. Apenas certifique-se de que o compartimento de um disco maior tenha aeração adequada. Como a maioria dos fabricantes de discos portáteis nunca ouviu falar de NTFS, talvez seja necessário reformatá-lo antes de usá-lo.