Para qualquer pessoa que esteja procurando respostas para isso e não encontre nenhuma, a solução que encontrei foi usar um aplicativo chamado WinAFC (ou AffinityChanger). Esta é uma interface parcial, aplicativo de linha de comando parcial que permite especificar perfis para determinados executáveis, e irá pesquisar a lista de processos para eles. Se encontrar processos correspondentes, mudará a afinidade desses processos de acordo com as configurações no perfil carregado.
Existe alguma documentação aqui: link
Para os meus propósitos, criei um perfil com esta aparência:
TestMode = 0
TimeInterval = 1
*\convert.exe := PAIR0+PAIR1
Este perfil define qualquer processo convert.exe para usar os dois primeiros pares de núcleos da CPU (CPU0, CPU1, CPU2 e CPU3), fazendo polling a cada segundo. TestMode
é uma alternância que permite ver se o seu perfil está funcionando sem realmente definir afinidades.
Espero que alguém ache isso útil!