gzip
sempre compactará cada arquivo em um único arquivo .gz quando receber uma lista de arquivos em sua linha de comando.
Por exemplo
$ gzip -r log.2011
para percorrer recursivamente o diretório log.2011 e compactar todos os arquivos que encontrar, ou
$ gzip log.2011/*
para compactar apenas os arquivos no diretório log.2011 sem descer para os subdiretórios.