Antes de tudo, verifique se o usuário de seu domínio foi adicionado a /etc/passwd
:
mkpasswd -d >> /etc/passwd
Em seguida, basta editar /etc/passwd
e deixar que aponte para o diretório desejado. Por exemplo, minha entrada é a seguinte:
myuser:unused:11555:10513:U-DOMAIN\myuser,S-1-5-21-3223550679-1857247031-121334384-2459:/cygdrive/c/Users/myuser/AppData/Roaming/cygwin/home:/bin/bash
Isto coloca o diretório home do cygwin dentro da minha pasta de perfil móvel dentro do meu perfil de usuário.