Se possível, você deve tentar apenas inserir a unidade em um PC secundário executando uma versão ao vivo de uma distribuição Linux, de preferência uma que você não se importaria de apagar completamente depois.
Se não, apenas corte suas perdas e destrua fisicamente o pendrive. Os vírus USB são extremamente eficientes nos dias de hoje, e são mais frequentemente capazes de persistir no hardware entre os wipes (seja em pequenas partições no pendrive ou carregando-se no firmware do hardware das máquinas infectadas).
Exemplos:
- badUSB
--- Slides do BlackHat do badUSB do SRLabs
--- Equipe de Hackers redigir no TrendMicro
Para responder mais diretamente à sua pergunta: Não, não há como inserir a unidade em qualquer nova máquina e assumir que ela não a infectou em algum nível.
Se você precisar visualizar os arquivos na unidade (talvez para saber o que perdeu / para poder imprimir e recriá-los fisicamente manualmente), recomendamos visualizá-los na sua máquina já infectada depois de desconectá-los qualquer cabo de rede, já que ele não pode ficar pior.