Uma ferramenta de linha de comando que eu usei e gostei muito porque duplicatas podem ser transformadas em hard links é FINDDUPE de Matthias Wandel. link
Hardlinks fazem duplicatas aparecer como se o arquivo ainda existisse em dois lugares, mas apenas uma cópia existe no disco. Mas não que isso funcione apenas em sistemas de arquivos NTFS, e você deve executá-lo com privilégios de administrador.
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