Sim, o Excel sempre calcula as linhas ocultas, a menos que sua fórmula ou código VBA esteja ignorando as linhas ocultas de propósito. Você pode dar uma olhada neste Technet blog para mais informações. Aqui está uma citação relevante tho.
Normally, hiding rows won't interfere with any formulas so your results will remain the same even if values are called from hidden cells.