Acho que será mais fácil ler e trabalhar com o Guia de empacotamento do Ubuntu e usar o ferramentas de alto nível para descrever as mudanças que você deseja fazer.
O problema com a abordagem que você descreve é que seria muito difícil para o sistema informar o significado de suas alterações. Se você editar um arquivo no etc, como você deseja que ele se mescle com outras alterações que programas diferentes fazem? A infraestrutura do dpkg tem ferramentas padrão para fazer as coisas se encaixarem bem.