Sim. O PCIe é compatível com versões anteriores, portanto, você pode usar placas de 1.0 em placas-mãe 2.0 e 2.0 em placas-mãe 1.0.
Para alcançar todo o potencial da sua placa gráfica, é verdade que o PCIe 1.0 tem metade da velocidade do PCIe 2.0. (Portanto, uma interface PCIe 1.0 x16 é comparável ao PCIe 2.0 x8.) Mas as placas gráficas individuais realmente não saturam o barramento de qualquer maneira: se você pesquisar artigos de tecnologia mais antigos, você encontrará várias revisões de placas de vídeo no Slots PCIe x8 de placas-mãe antigas SLI / CrossFire. Invariavelmente, a conclusão foi que o ônibus mais lento não prejudicou a performance.
Você vai ficar bem.