O Chrome não armazena histórico é o problema. Os sites mais visitados baseiam-se na frequência com que aparecem no seu histórico. Se você estiver impedindo intencionalmente que o chrome armazene seu histórico, tente ativar seu histórico e visitar os sites desejados na nova guia e desativá-lo novamente (não sei como ativá-lo ou desativá-lo no comando). Se não for intencional, então parece que isso seria o seu principal problema.