Qualquer coisa que excluir e recriar o arquivo de destino irá quebrar o link. Alguns aplicativos farão isso, outros não. Eu não acho que haja alguma maneira de prever isso com antecedência.
Os hard links não são um mecanismo de backup sensato, uma vez que existe apenas uma cópia do arquivo. Os backups devem sempre ser para um disco físico diferente, de qualquer forma, caso o disco inteiro falhe.