O Notepad ++ não está salvando o arquivo automaticamente. Se você abrir o arquivo em outro editor, verá que suas alterações não foram confirmadas no arquivo original. Ele está usando sua própria cópia temporária do arquivo para manter as alterações feitas.
No entanto, você pode evitar que o Notepad ++ se comporte dessa maneira desmarcando Configurações- > Preferências- > Backup- > Ativar o instantâneo da sessão e o backup periódico .
Editar: Como Rob apontou, isso se aplica à versão 6.6 e posterior, onde esse recurso é ativado por padrão e não requer complementos.