Já tentou acessar as Preferências do sistema do OS X > Geral > Mostrar barras de rolagem: e desmarcado sempre?
Eu tenho essa barra de rolagem no lado direito do meu terminal porque eu acidentalmente dividi a janela e fundei as janelas, saí do terminal e reiniciei meu computador, e essa coisa maligna não vai embora.
Não está realmente no caminho, mas quando está em tela cheia ou janela está lá e é irritante.