O Windows 8 vem com o Windows Defender. O Microsoft Security Essentials não funciona no Windows 8, mas seus recursos foram integrados ao novo Windows Defender.
De Windows Defender na Wikipédia :
In Windows 8, functionality has increased to offer antivirus protection as well. Windows Defender in Windows 8 resembles Microsoft Security Essentials and uses the same virus definitions.
O System Center 2012 Endpoint Protection usa as mesmas definições de vírus que o Windows Defender, mas também oferece gerenciamento de TI para empresas.
Do site do System Center 2012 Endpoint Protection :
System Center 2012 Endpoint Protection integrates with System Center 2012 Configuration Manager to provide a unified solution that gives you a comprehensive security and management solution for clients in your enterprise. Endpoint Protection uses the monitoring and deployment capabilities of Configuration Manager to streamline the deployment of antimalware definitions and uses Configuration Manager to provide an in-console monitoring solution. You can also use System Center 2012 Endpoint Protection to configure Windows Firewall settings on computers in your enterprise.
Como o Windows 8 agora agrupa o Windows Defender, você pode ter quantos PCs em uma empresa o executar como quiser (o limite de 10 PCs era estritamente para o Security Essentials). Se o seu departamento de TI deseja maior controle e geração de relatórios sobre a infraestrutura de segurança em sua empresa, só então eles devem considerar o System Center 2012 Endpoint Protection.